今更だが，直し方を見かけたので，渋々と直してみた．
Acrobatで開いてトリミングツールで全頁を一括で同じ範囲で切り抜き。
その後、Acrobatの印刷でページの拡大・縮小を「用紙に合わせる」で印刷する、でどうでしょうか？
Acrobat 7.0 Standardでは、
「ツール」の「高度な編集」の「トリミングツール」で範囲指定してEnter。
その後に出てくるダイアログでページ範囲を設定するわけですね。
あとは印刷するときに「用紙に合わせる」で拡大させる……と。
至って簡単だった．
ちゃんとベクトルデータのまま処理されるんですね．素晴らしい．
で．
これまた今更ながらだが，チラ見しただけだけど，やっぱり酷かった．
指摘した箇所は直ってなかったし，引用文献が特に酷い．
引用文献[4]があっちこっちに出てくるから何かと思いきや，
「はてなダイアリーキーワード」って・・・なんじゃそりゃ！
仮にも，「はてなキーワード」から引用したとしても，個々のURIを書くべきである．
情報処理学会論文誌で発表された論文を引用するのに，
引用元として「情報処理学会論文誌」と書いているようなものだ．
で．で．
なんであんなへんちくりんな出力が得られたのかの原因もわかった．
素晴らしきWORD先生の優しさですね．
オレは使ったことがないからわからないけど，WORDの版数管理を使っていたようだ．
前版での修正箇所と修正内容が書かれていて，それが用紙サイズからはみ出ていた．
PDF出力時にはそれも含めてA4に収まるように出力されたのだろう．
だから，そのわずか1箇所のために，全てのページがちっちゃくなったのだ．
出力した時点で気付くだろうに・・・なんたる無関心！
ということは？
製本された卒業論文にも修正箇所に修正内容が書かれているわけだ．
これは完成版と呼べるのだろうか？
まとめると，元のWORDデータがあれば，簡単に作り直すことができたわけだ．
何故，消したのか．なんたる責任放棄！
結局，そこまで気付いてしまったので，拡大トリミングのみのrevise版を作ってやめた．
修正内容のコメントも消せるだろうが，そこまで労を払う必要性が見当たらない．
だって，こんな不完全なもので満足するんだから，作り直したって感謝されないし，誰も読まない．
やるだけ無駄．